Dans la bouche, les dents ont une croissance continue comme indiqué au chapitre 3. Leur rôle masticateur est très modéré. Les glandes salivaires (parotide, mandibulaire, sublinguale et zygomatique) produisent une salive contenant une faible quantité d'amylase (25 µMoles de maltose produites à partir le l'amidon, par mg de protéine salivaire, contre 250 à 450 pour le suc pancréatique). La concentration en amylase est d'ailleurs indépendante du taux d'amidon de la ration ou de l'état de jeûne de l'animal.

2 - L'œsophage

    L'œsophage est placé entre la trachée et la colonne vertébrale. Il ne permet de mouvement du bol alimentaire que dans la direction de l'estomac. Il n'y a jamais de reflux de l'estomac vers la bouche, même de manière accidentelle.

    La paroi secrète principalement de l'acide chlorhydrique, de la pepsine et des minéraux (Ca, K, Mg et Na). Le pH toujours fortement acide varie cependant assez sensiblement au cours de la journée, principalement dans la zone fundique (figure 12 ci-contre). Les pH les plus élevés sont observés en présence de cæcotrophes ( pH de 3,5) alors que le pH le plus fréquent est situé entre 1,5 et 2,0. La sécrétion de pepsine et d'électrolytes varie également principalement en fonction du rythme d'ingestion des caecotrophes. Le contenu de l'estomac représente 90 à 120g de matière fraîche chez un lapin de 9 semaines en fonction de l'heure de la journée. Sa teneur en matière sèche varie entre 16 et 21%.

    Chez le très jeune lapereau (1ère semaine) la paroi stomacale secrète une pepsine dont le pH optimum est situé vers 1,8 - 2,4, ainsi que qu'une autre peptidase la rennine ou chymosine (pH optimum vers 3,4 - 3,8). A partir de 21 jours, le pH optimum de la pepsine s'abaisse aux environs de 1,2-1,8 tandis que la rennine n'est plus décelable chez le lapin de 45 ou 60 jours. Pendant la période d'allaitement, cette endopetidase est responsable de la coagulation du lait dans l'estomac par rupture de la chaîne de kappa-caséine. La sécrétion de pepsine ne devient quantitativement importante qu'à partir de l'âge de 30 jours environ. A l'inverse la lipase gastrique secrétée par une petite zone de la paroi stomacale autour du cardia a sa production maximum chez le lapereau de 30 jours, puis elle décroît rapidement entre 30 et 60 jours puis jusqu'à 180 jours. Elle n'est plus mesurable chez l'adulte.

4 - L'intestin grêle

    L'intestin grêle qui fait suite au pylore mesure environ 3 m de longueur pour un diamètre d'environ 0,8 à 1 centimètre. Il est classiquement divisé en duodénum, jéjunum et iléon, la partie terminale. Le canal cholédoque qui apporte la bile en provenance du foie débouche au début du duodénum, immédiatement après le pylore. Son ouverture dans le duodénum est régulée par le sphincter d'Oddi. Rappelons que chez le lapin la bile est sécrétée pratiquement en continu par le foie, puis stockée dans la vésicule biliaire avant son évacuation. Le canal pancréatique débouche vers la fin du duodénum à environ 40 cm du pylore. Sur la paroi, on observe de place en place des plaques de tissu lymphoïde d'environ 1 à 2 cm de diamètre. Il s'agit des plaques de Peyer. Les multiples glandes présentes dans la paroi de l'intestin grêle secrètent de nombreuses enzymes qui viennent compléter celles sécrétées par le pancréas.Le contenu de l'intestin grêle est liquide, surtout dans la première partie. En outre, il est normal de trouver des portions d'une dizaine de centimètres, vides de tout contenu. Le pH est légèrement alcalin dans la première partie (pH 7,2 - 7,5) et s'acidifie progressivement pour atteindre 6,2 - 6,5 à la fin de l'iléon.

5 - Le cæcum

    Cet intestin grêle débouche à la base du cæcum par le "sacculus rotondus" qui contient la valvule iléo-cæcal. Sa paroi est constituée de tissu lymphoïde. Le cæcum forme un second réservoir qui mesure environ 40-45 cm de longueur pour un diamètre moyen de 3 à 4 centimètres. Il contient 100 à 120 g d'une pâte homogène ayant une teneur en matière sèche (MS) de 22 pour cent en moyenne et un pH proche de 6 (figure 13 ci-après). La paroi du cæcum s'invagine selon une spirale qui fait 22 à 25 tours ou spires, augmentant ainsi la surface de muqueuse au contact du contenu cæcal. A son extrémité, l'appendice caecal (10-12 cm) a un diamètre nettement plus faible. Sa paroi est constituée de tissus lymphoïde.

    Très près de l'abouchement de l'intestin grêle, c'est-à-dire de "l'entrée" du caecum, se trouve aussi le départ du côlon, autrement dit la "sortie". De ce fait, le caecum apparaît comme une impasse branchée en diverticule sur l'axe intestin-grêle-côlon .Les études de physiologie montrent cependant que cette impasse-réservoir est un lieu de passage obligé; le contenu circule de la base vers la pointe en passant au centre du caecum, puis revient vers la base, le long de la paroi. 

6 - Le colon

    Après le caecum, on trouve un côlon d'environ 1,5 m. Il est d'abord caractérisé par la présence d'haustra (petits renflements en forme de poche) sur environ 50 cm : c'est le côlon proximal. Après une zone d'environ 1 à 1,5 cm portant les seuls muscles striés du tube digestif et appelée fusus coli, la paroi devient lisse dans sa partie terminale; cette partie est appelée côlon distal. Sa dernière partie est appelée rectum et se termine à l'anus. Ce dernier est porteur des glandes anales.Relativement plus développé chez le jeune que chez l'adulte, le tube digestif a pratiquement atteint sa taille définitive chez un lapin dès 2,5-2,7 kg, alors que l'animal ne pèse encore que 60-70 % au maximum de son poids adulte.Deux glandes importantes déversent leurs sécrétions dans l'intestin grêle : le foie et le pancréas. La bile, provenant du foie, contient des sels biliaires et de nombreuses substances organiques mais aucune enzyme: c'est une sécrétion qui aide à la digestion sans agir elle-même. A l'inverse, le suc pancréatique contient une quantité importante d'enzymes digestives permettant la dégradation des protéines (trypsine, chymotrypsine), de l'amidon (amylase) et des graisses (lipase).

    Très globalement, il convient de retenir la longueur de l'intestin grêle (3-3,5 m) avec son faible contenu relatif, et l'importance des réservoirs que sont l'estomac et le caecum : 70 à 80 pour cent du contenu sec total du tube digestif sont en effet concentrés dans ces deux segments. Enfin, la teneur en eau du contenu peut varier très sensiblement d'un segment à l'autre, par suite des sécrétions de l'organisme ainsi que des absorptions d'eau.